Структура Министерства магии
Министерство находится в Лондоне, точный адрес, однако, неизвестен. Сотрудники Министерства магии могут попасть на работу двумя способами — путём трансгрессии, либо по Сети летучего пороха. Однако в финальной книге, когда Министерство перешло в подчинение Волан-де-Морту, только самым высокопоставленным чинам разрешалось трансгрессировать в Министерство и пользоваться каминами. Остальные же служащие могли попасть на работу через общественные туалеты путём смывания самих себя. Для этого сотрудникам выдавались специальные жетоны.

Для посетителей Министерства существует отдельный вход, расположенный на безлюдной улице с обветшавшими домами и парой заброшенных офисных зданий. Такое место было выбрано специально для соблюдения секретности. Вход для гостей — нерабочая телефонная будка. Посетитель должен зайти в будку и набрать номер 62442 (клавиши, соответствующие буквам m, a, g, i, c), затем представиться и указать цель прибытия. Ему будет выдан специальный значок, после чего пол будки опустится вниз и гость попадет в главный зал Министерства — Атриум. Затем посетитель должен пройти пост охраны в конце зала, где охранник проверит его с помощью специального прибора в виде длинного золотого прута. Волшебная палочка посетителя проверяется с помощью другого прибора, похожего на весы, который выдаёт сведения о том, из чего палочка сделана и как долго она используется. После этого гость может пройти через золотые ворота в зал с лифтами и отправиться на нужный ему уровень. Всего в Министерстве десять уровней, между которыми циркулирует около двадцати лифтов. Причём, чем выше номер уровня, тем глубже под землёй он находится.

Также в романах неоднократно упоминался Отдел магического хозяйства, однако точное его месторасположение неизвестно. Сотрудники этого Отдела занимаются поддержанием магического хозяйства, в частности, как упоминает мистер Уизли, именно они решают какая погода будет за окнами Министерства. Вот что говорил Артур Уизли в день слушания по делу, связанному с применением Гарри заклинанием Патронуса об этих окнах:

«Недавно мы перенесли два месяца ураганов — таким образом они давали понять, что хотят прибавки к жалованью…»

В финальной книге, когда Гарри, Рон и Гермиона решили пробраться в Министерство, Рон превращался в одного из сотрудников этого Отдела.

Министр магии и вспомогательный персонал
На этом этаже расположены кабинеты министра магии, а также его заместителей и других руководящих чиновников.

Отдел обеспечения магического правопорядка
Возможно, самое главное из всех подразделений Министерства, представляет собой объединение полиции и органов правосудия. Когда-то Отдел возглавлял Бартемий Крауч. На протяжении событий последней книги главой Отдела был Пожиратель смерти Яксли, занявший место Пия Толстоватого, который в свою очередь получил эту должность после жестокой смерти Амелии Боунс от руки Волан-де-Морта.

Отдел обеспечения магического правопорядка включает в себя следующие подразделения:
Штаб-квартира мракоборцев (англ. aurors): подразделение Отдела обеспечения магического правопорядка Министерства Магии в вымышленном мире Гарри Поттера. Представляет собой штаб-квартиру мракоборцев — волшебников, занимающихся борьбой с тёмными магами. Расположено на 2 уровне здания Министерства Магии.

Группа обеспечения магического правопорядка:
— подразделение, занимающееся выявлением случаев нарушения закона.
Сектор выявления и конфискации поддельных защитных заклинаний и оберегов: подразделение, главой которого был назначен мистер Уизли в шестой книге. Очевидно, когда Руфус Скримджер занял пост Министра магии, из-за угрозы Лорда Волан-де-Морта Магическому Сообществу появилось несколько новых подразделений.
Сектор борьбы с незаконным использованием изобретений маглов: В обязанности сотрудников данного сектора входит регулирование применения магии к предметам, созданным маглами, а также выявление таких предметов. Это подразделение расположено в крохотном кабинете без окон, возглавляемом Артуром Уизли (неосведомлённым, однако полным энтузиазма) и его помощником Перкинсом. Основной задачей подразделения является изъятие заколдованных предметов из рук маглов, что часто требует проведения рейдов. Гарри Поттер посещал офис мистера Уизли перед своим дисциплинарным слушанием в начале пятой книги. 
Сектор борьбы с неправомерным использованием магии:
Устанавливает наказание волшебникам за неуместное использование магии, за колдовство в неподходящее время или с нарушением магических законов. Это подразделение отвечает за расследование нарушений Декрета о разумном ограничении волшебства несовершеннолетних и Статута о секретности Международной конфедерации магов. Декрет регламентирует использование магии несовершеннолетними волшебниками и колдуньями, в то время как Статут о секретности запрещает волшебникам использовать магию в присутствии маглов или в маглонаселённых районах. Как только в Отдел поступает информация о нарушении Декрета, нарушителю поступает сообщение, в котором сообщается, какие меры будут предприняты Отделом. Как правило, волшебника, замеченного в нарушении первый раз, отпускают с предупреждением, в то время как в чрезвычайных ситуациях Сектор борьбы с неправомерным использованием магии предпринимает более серьёзные меры наказания. Одним из сотрудников этого подразделения является Муфалда Хмелкирк.
Сектор борьбы с неправомерным использованием магии упоминается в книгах не один раз. В книге «Гарри Поттер и Тайная комната» Гарри получает из Отдела предупредительное письмо, когда Добби применяет заклинание левитации к пудингу тёти Петуньи. Позже Гарри получает ещё одно письмо после того, как применяет заклинание Патронуса в присутствии Дадли, чтобы защититься от дементоров.  В письме сообщается, что палочка Гарри будет конфискована сотрудниками Министерства и сломана, а сам Гарри будет задержан до официального слушания.

Сектор борьбы с неправомерным использованием магии определяет совершение волшебства несовершеннолетними с помощью особого заклинания, наложенного на несовершеннолетних волшебников, возможно, сразу после рождения или после окончания первого курса в Хогвартсе. Эта особая магия называется «Надзор», и заклинание снимается, как только волшебнику исполняется 17 лет.

Несмотря на то, что случаи использования магии несовершеннолетними обычно рассматриваются Сектором по борьбе с неправомерным использованием магии, в книге «Гарри Поттер и Орден Феникса» дело Гарри разбиралось полным составом Визенгамота.

Административные службы Визенгамота — Верховного суда правосудия волшебников.

Отдел магических происшествий и катастроф
Этот отдел отвечает за устранение вреда, нанесённого случайным волшебством. Включает в себя следующие подразделения:

Группа аннулирования случайного волшебства:
Это группа волшебников, обязанностью которых является устранение последствий «случайного волшебства», как то магия детей, ещё не умеющих контролировать свои способности, или магия взрослых волшебников, не подчиняющихся закону. Сюда же относятся «побочные» эффекты некоторых заклинаний, вызванные непреднамеренно, например, «расщеп» при трансгрессии.
В книге «Гарри Поттер и узник Азкабана» Группа аннулирования случайного волшебства была послана в дом Гарри, когда тот непреднамеренно раздул свою тётушку Мардж. Им удалось успешно ликвидировать последствия заклинания и изменить ей память, то есть стереть все воспоминания об этом инциденте. Хотя это, скорее всего, осуществила группа стирателей памяти.

Штаб-квартира стирателей памяти:
Стиратели памяти — это сотрудники Министерства магии, обязанностью которых является изменение памяти маглов, ставших свидетелями событий магического происхождения.
Впервые эти волшебники так названы в шестой книге, хотя подобная практика модификации памяти упоминалась и в предыдущих романах. Любой волшебник может произвести изменение памяти с помощью заклинания Забвения. Однако подобная практика не одобряется Магическим Сообществом, так как многие полагают, что модификация памяти должна производиться исключительно стирателями памяти.

В книгах героями неоднократно применялось заклинание Забвение. Так, во второй части «Гарри Поттер и Тайная комната» профессор Златопуст Локонс пытался стереть память Гарри и Рону. В пятой книге «Гарри Поттер и Орден Феникса» Кингсли Бруствер стёр из памяти Мариэтты Эджком все воспоминания об Отряде Дамблдора, как раз когда она собиралась выдать их тайну профессору Амбридж. В четвёртой книге упоминается, что Барти Крауч старший применил заклинание Забвения к Берте Джоркинс, чтобы скрыть тот факт, что его сын жив. Заклинание оказалось настолько мощным, что её мозг был непоправимо повреждён. В финальной книге Гермиона Грейнджер применила заклинание Забвения к Пожирателям смерти. Также Волан-де-Морт был известен использованием заклинаний изменения памяти.

Комитет по выработке объяснений для маглов:
Данное подразделение занимается выработкой объяснений магических происшествий, которые не могут быть исправлены с помощью магии или воспоминания о которых не могут быть полностью удалены из памяти маглов. Также Комитет создаёт объяснения происшествиям, которым сами маглы не могут дать объяснения. Например, в третьей книге раскрывается, что Питер Петтигрю убил 12 маглов и разнёс целую улицу огромным взрывом во время сражения с Сириусом Блэком. Очевидный вред, нанесённый Петтигрю, Комитет объяснил взрывом газопровода.

Отдел регулирования магических популяций и контроля над ними

Печать Отдела регулирования магических популяций и контроля над ними.

Отдел занимается вопросами, связанными с различными магическими существами. Например, в шестой книге Корнелиус Фадж упоминает о том, что именно этот Отдел контролирует перевозку драконов и сфинкса для Турнира Трёх Волшебников. В состав Отдела входят Управление по связям с гоблинами и кентаврами. Однако кентавры, предпочитая не иметь с волшебниками никаких дел, ни разу не связывались с этим Управлением с момента его основания.

Поэтому в Министерстве фраза «быть переведённым в Управление по связям с кентаврами» означает, что волшебника собираются уволить.

Именно с этого Отдела начала свою карьеру Гермиона Грейнджер перед тем, как перейти в Отдел обеспечения магического правопорядка.

Отдел международного магического сотрудничества
Основной целью Отдела является налаживание международных контактов и привлечение волшебников всех стран к сотрудничеству.

До своей гибели, главой Отдела был Барти Крауч старший. Кем возглавляется Отдел в настоящее время, неизвестно. Также именно в этом Отделе начал свою карьеру Перси Уизли.

По характеру своей деятельности Отдел международного магического сотрудничества схож с «магловским» британским Министерством иностранных дел и по делам Содружества, с той лишь разницей, что в мире волшебников нет эквивалента понятию «Содружество», и Отдел создан с целью обеспечения сотрудничества магов, в то время как его «магловский» аналог не преследует таких возвышенных целей.

Отдел международного магического сотрудничества включает в себя:

Международный совет по выработке торговых стандартов
Международное бюро магического законодательства
Британский филиал Международной конфедерации магов: Международная конфедерация магов имеет много обязанностей, в частности, поддержание международного Статута о секретности. Из книг неизвестно, какой степенью власти обладает конфедерация магов, хотя, возможно, она является магическим аналогом ООН, призванным объединить все Министерства магии в мире.
Известно, что конфедерация была создана в 1692 году. Именно в это время были проведены многочисленные важные законы, такие как, например, установление права волшебников на волшебные палочки. Возможно, конфедерация магов была вовлечена в противостояние Магического Сообщества и маглов во времена гонения волшебников.

Международная конфедерация магов была основана Пьером Бонаккордом, который и стал её первым президентом. В пятой книге выясняется, что президентом конфедерации является Альбус Дамблдор. После гибели Дамблдора пост президента освободился, но кто его занял, остаётся неизвестным.

Отдел магического транспорта
Этот отдел отвечает за различные вопросы, связанные с магическим транспортом и включает в себя следующие подразделения:

✖Руководящий центр Сети летучего пороха: Подразделение отвечает за установку и поддержание Сети каминов, а также за распространение летучего пороха. Сеть летучего пороха состоит из каминов, находящихся во всех волшебных домах, связанных между собой. Сеть позволяет перемещаться из одного камина в другой благодаря магическим свойствам летучего пороха.
✖Сектор контроля за мётлами
✖Портальное управление
✖Трансгрессионый испытательный центр: Является магическим аналогом Агентство по лицензированию водителей и транспортных средств|Агентства по лицензированию водителей и транспортных средств Соединённого Королевства. В этом центре выдаются лицензии волшебникам и колдуньям на право трансгрессии.
Остаётся неизвестным, управляет ли данный Отдел работой автобуса «Ночной Рыцарь».

Отдел магических игр и спорта
Описан в книге как самый непринуждённый — стены коридора Отдела оклеены множеством плакатов, изображающих разнообразные команды по квиддичу. Одной из обязанностей Отдела является организация таких спортивных мероприятий как Чемпионат мира по квиддичу и Турнир Трёх Волшебников. Некоторое время главой Отдела был Людо Бэгмен, питающий страсть к азартным играм. Кто возглавляет Отдел в настоящее время, неизвестно.

Атриум
Атриум представляет собой длинный зал с «паркетным полом, отлакированным до блеска». На синем потолке Атриума появляются и исчезают различные золотые символы, представляя таким образом некую доску объявлений. В стены зала встроено множество каминов, позволяющих сотрудникам Министерства перемещаться с помощью летучего пороха из дома на работу и обратно.

Посреди Атриума расположен фонтан Волшебного братства, украшенный золотыми статуями волшебника, ведьмы, кентавра, гоблина и домового эльфа, установленными в центре круглого бассейна. Статуи волшебника и колдуньи расположены в центре группы, а другие «низшие существа» смотрят на них снизу вверх с обожанием. Такая ситуация весьма далека от реальности, так как кентавры, считая себя намного более разумными существами, нежели люди, предпочитают не иметь с ними ничего общего, и гоблины тоже плохо ладят с волшебниками; «убедительно выглядел только приниженно-подобострастный эльф-домовик.» В экранизации пятого романа фонтан выглядит несколько иначе, чем он описан в книге. Фонтан разделён на два бассейна, со статуей волшебника в одном и остальными существами в другом. Табличка возле фонтана гласит, что все брошенные в него монетки передаются больнице Святого Мунго.

В пятой книге во время битвы в Министерстве Атриум был сильно повреждён — пол исцарапан, стол охраны сожжён, а фонтан практически разрушен, потому что когда Волан-де-Морт сражался с Дамболдором, последний заколдовал Атриум так, что волшебные существа(кентавр, ведунья, волшебник, эльф и гоблин) защищали Гарри от заклятий Волан-де-Морта. Был ли он впоследствии восстановлен, неизвестно.

В финальной книге выясняется, что когда Министерство перешло во власть Волан-де-Морта, фонтан Волшебного братства заменили чёрной скульптурой волшебника и волшебницы, сидящих на тронах, которые на самом деле представляли собой сотни переплетённых тел маглов. В основании монумента была выгравирована надпись «Магия — сила». Статуя демонстрировала превосходство чистокровных волшебников над всеми остальными, что было характерно для режима Волан-де-Морта в целом. Некоторые видят в этом намёк на фашистский режим Германии в прошлом. Скорее всего, статуя была уничтожена после окончательного падения Волан-де-Морта.

Недалеко от фонтана рядом с золотыми воротами расположен пост охраны, через который проходят посетители Министерства. Золотые ворота ведут в другой зал, поменьше, где расположено около двадцати лифтов, позволяющих перемещаться по всем уровням Министерства.

Отдел тайн
Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Волшебников, работающих в Отделе тайн, называют невыразимцами. Друг Артура Уизли, Бродерик Боуд, работает невыразимцем. Августус Руквуд, шпион и Пожиратель смерти, также работал невыразимцем до своего ареста. Так как деятельность Отдела тайн является засекреченной, это подразделение Министерства магии напоминает реально существующие ЦРУ и СИС, работа которых также держится в строгой секретности от простого населения. Однако сотрудники Отдела тайн скорее являются учёными, стремящимися постичь источники и законы магии.

Несмотря на то, что конкретная деятельность Отдела тайн неизвестна, некоторые детали всё же даются в пятой книге «Гарри Поттер и Орден Феникса». Так, очевидно, Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества.

Отдел тайн состоит из следующих комнат:

✖Круглая комната с вращающимися стенами. Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Возможно, эта техника является своеобразной охраной от тех, кому быть здесь не положено. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.
Комната мозгов. Описывается как длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём мозгами. Во время битвы в Министерстве Рон Уизли дотронулся до одного из таких мозгов и получил тяжёлые ранения. Мадам Помфри упомянула о том, что раны, нанесённые мыслями, заживают очень долго.

✖Комната смерти. Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом. Во время битвы в Отделе тайн, упав в проём этой арки, погиб Сириус Блэк («Гарри Поттер и Орден Феникса»). Возможно, за занавесом расположен вход в загробную жизнь, и некоторые могут слышать шёпот, доносящийся из-за занавеса (возможно, те люди, которые видели смерть).
Комната времени. В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно. По предположению Гермионы, это само время.
Комната планет. Описана как тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.

✖Запертая комната. Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. По словам Альбуса Дамблдора, за этой дверью находится самая загадочная из всех тайн, которые люди пытаются раскрыть. Он говорит об этом так:
В ней [комнате] хранится сила, одновременно более чудесная и более ужасная, чем смерть, чем человеческий разум, чем силы природы. Пожалуй, она ещё и самая загадочная из всех сокровищ, что там хранятся. Именно этой силой ты обладаешь в достатке, а Волан-де-Морт, наоборот, вовсе её лишён. <…> Имя этой спасительной силы — любовь.

✖ Зал пророчеств. Представляет собой огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы — магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание. Остальные же могут пострадать от минутного сумасшествия. Если сфера с предсказанием разбивается, заключённое в ней пророчество произносится, после чего она становится бесполезной.

Залы суда
Расположены на самом нижнем уровне Министерства, куда не ходят даже лифты, поэтому добраться до зала суда можно, только спустившись по лестнице. Точное количество залов суда неизвестно, но можно предположить, что их как минимум десять (слушание по делу Гарри Поттера проходило в зале суда № 10).